Για την παρακολούθηση του Π.Μ.Σ. υπάρχει τέλος φοίτησης το οποίο ανέρχεται συνολικά σε 2.700€ (225€ ανά δηλωθέν μάθημα, σύνολο 1.800€ για το σύνολο των απαιτούμενων 8 μαθημάτων, και 900€ για την εκπόνηση της Μ.Δ.Ε.).
Η καταβολή του τέλους φοίτησης γίνεται σε μία δόση κάθε εξάμηνο, εντός αποκλειστικής προθεσμίας τριών (3) εβδομάδων από την έναρξη των μαθημάτων. Η μη έγκαιρη καταβολή του τέλους φοίτησης επιφέρει τον αποκλεισμό του φοιτητή από τις εξετάσεις του αντίστοιχου εξαμήνου.
Μεταπτυχιακοί φοιτητές που επιθυμούν είτε να διαγραφούν από το Π.Μ.Σ., είτε να αναστείλουν την φοίτησή τους δικαιούνται επιστροφή των τελών φοίτησης που έχουν καταβληθεί το τρέχον εξάμηνο με την προϋπόθεση ότι δεν έχουν παρέλθει περισσότερες από τρεις (3) εβδομάδες από την έναρξη των μαθημάτων.
Σύμφωνα με το άρθρο 86 του Ν. 4957/2022 εγγεγραμμένοι φοιτητές Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) δύνανται να φοιτούν δωρεάν σε αυτό, αν προβλέπεται η καταβολή τελών φοίτησης, εφόσον πληρούν τα κατά νόμο οικονομικά ή κοινωνικά κριτήρια. Προϋπόθεση για τη χορήγηση του δικαιώματος δωρεάν φοίτησης λόγω οικονομικών ή κοινωνικών κριτηρίων είναι η πλήρωση προϋποθέσεων αριστείας κατά τον πρώτο κύκλο σπουδών, που αντιστοιχεί κατ’ ελάχιστον στην κατοχή βαθμού ίσου ή ανώτερου του επτάμιση με άριστα στα δέκα (7,5/10), εφόσον η αξιολόγηση στον βασικό τίτλο σπουδών που προσκομίζεται για την εισαγωγή στο Π.Μ.Σ. έχει πραγματοποιηθεί σύμφωνα με τη δεκάβαθμη κλίμακα αξιολόγησης Ανώτατου Εκπαιδευτικού Ιδρύματος (Α.Ε.Ι.) της ημεδαπής, άλλως το κριτήριο αυτό εφαρμόζεται αναλογικά σύμφωνα με την εκάστοτε κλίμακα αξιολόγησης, εφόσον ο προσκομιζόμενος τίτλος σπουδών έχει χορηγηθεί από Ίδρυμα της αλλοδαπής.
Ο συνολικός αριθμός των φοιτητών που φοιτούν δωρεάν δεν δύναται να υπερβαίνει τον αριθμό που αντιστοιχεί στο τριάντα τοις εκατό (30%) του συνόλου των εγγεγραμμένων φοιτητών ανά ακαδημαϊκό έτος. Αν, κατά τον αριθμητικό υπολογισμό του αριθμού των δικαιούχων απαλλαγής από τα τέλη φοίτησης προκύπτει δεκαδικός αριθμός, γίνεται στρογγυλοποίηση στην πλησιέστερη ακέραιη μονάδα. Αν ο αριθμός των δικαιούχων απαλλαγής υπερβαίνει το ποσοστό της παρούσας, οι δικαιούχοι επιλέγονται με σειρά φθίνουσας κατάταξης έως τη συμπλήρωση του αριθμού.